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USB3.0の登場でHDDの内蔵と外付けの速度差が一見なくなったように思えます.
実際はどうなのか?
そこで内蔵と外付けの速度をまとめてみました.

■接続方法と転送速度
・内蔵HDD
UATAyyy…yyyMB/s(最大133MB/s)
SATA1.x…150MB/s
SATA2.x…300MB/s
SATA3.0…600MB/s

・外付けHDD
USB1.1…1.5MB/s
USB2.0…60MB/s
USB3.0…500MB/s
eSATA…300MB/s
Ethernet…12.5MB/s(100Mbps),125MB/s(1Gbps)
FireWire…100MB/s
Thunderbolt…1250MB/s

転送速度は上記のようになっています.
実際のHDDの速度ですが,普通は130MB/s,速くても170MB/sくらいです(2011年12月現在).
つまり,SATA2.x以降やeSATA,USB3.0,Thunderboltでは差がないことになります.
しかし,USB3.0はコントローラの性能にもよりますが間に介在するものが内蔵より多いため,実際はSATAよりもやや遅いです.
最後のThunderboltは現在売られている対応製品がRAID0構成なので,最大170MB/sくらいの速度が出せます(検証記事:日経BP).
デイジーチェーンで台数を増やすことでさらに高速化できるそうです.

ちなみにUSB2.0は転送高速化ツールを使っても最大40MB/sくらいが限界です.
また,いずれの規格も理論上の転送速度やや下回ります.

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